Die Manga- und Fernsehserie sind in einzelne Handlungsabschnitte unterteilt, in denen die Strohhutbande immer wieder einen scheinbar übermächtigen Hauptgegner hat, der nach klassischer Shōnen-Manier in einem Endkampf von Ruffy besiegt wird, während sich seine Kameraden mit anderen auftauchenden Nebengegnern befassen. Das Besondere an der Handlung ist dabei: Bislang ist keiner der für die Handlung wichtigen Charaktere infolge eines Kampfs gestorben – selbst nach einer sehr großen Bombenexplosion überstehen die einzelnen Charaktere diese, wenn auch schwer verletzt.

Eiichiro Oda begründet dies vor allem damit, dass wenn Ruffy oder einer seiner Freunde einen Gegner besiegt, dies das Ende ihrer Träume ist, so dass es für sie keine Rolle mehr spielt, ob sie leben oder tot sind.

Der Manga erhält durch die Coverstorys eine zweite Handlung, welche die Geschehnisse abseits der Haupthandlung mit bereits erledigten Gegnern oder zurückgelassenen Freunden und Mitstreitern fortsetzt und zum Teil neue Charaktere einführt. Dabei ist nicht auszuschließen, dass die dort gezeigte Handlung wieder Bestandteil des Haupterzählstrangs wird. Ein Beispiel hierfür ist die Geschichte, die von Fans im Allgemeinen als „Buggy-Coverstory“ benannt wird: Nachdem Buggy von Ruffy besiegt wurde, erlebt der Kapitän eine kleine Odyssee abseits des Hauptgeschehens und kehrt später zurück, um sich an Ruffy zu rächen.

Die Hintergrundgeschichten der einzelnen wichtigen Charaktere werden immer wieder in Rückblenden aufgerollt.